Boa tarde, Beatriz,
Fico feliz em ajudar com essa dúvida, que é bem comum entre quem está começando a empreender.
Sim, é totalmente permitido que um MEI tenha registro em carteira de trabalho ao mesmo tempo em que mantém sua empresa aberta. Não existe nenhuma vedação legal para isso, e essa é uma situação bastante frequente na prática, principalmente entre pessoas que usam o MEI como uma renda complementar enquanto mantêm um emprego formal.
A única restrição que existe é justamente ao contrário do que se imagina: há um limite de salário mínimo para quem é sócio administrador de MEI e ao mesmo tempo empregado, mas isso se aplica principalmente a situações específicas envolvendo o INSS. De forma geral, o que precisa ficar claro é que o CPF da pessoa vai acumular dois vínculos distintos perante a Receita Federal e o INSS, o vínculo de emprego CLT e a atividade como empresário individual através do MEI. São tratados como rendimentos de naturezas diferentes.
Sobre o risco de a Receita Federal confundir a remuneração da CLT com o faturamento do MEI, isso não acontece, porque os sistemas de controle são completamente distintos e bem definidos. O rendimento da carteira de trabalho é informado pela empresa empregadora através do eSocial e da DIRF, aparecendo na declaração de Imposto de Renda da pessoa física como rendimento tributável recebido de pessoa jurídica. Já o faturamento do MEI é apurado separadamente através do PGMEI, com a Declaração Anual do Simples Nacional, o DASN-SIMEI, e o dinheiro que entra na empresa é tratado como faturamento da pessoa jurídica, não como rendimento pessoal do titular.
O que seu conhecido precisa ficar atento é ao seguinte, ele terá duas obrigações que rodam de forma paralela e não se misturam. Como empregado, o desconto do INSS será feito diretamente na folha pela empresa, sobre o salário CLT. Como MEI, ele continua tendo a obrigação de pagar o DAS mensalmente, que inclui a contribuição previdenceária também, mesmo já contribuindo pelo emprego. Isso é importante porque, mesmo com o registro em carteira, o MEI não fica dispensado do pagamento do DAS enquanto a empresa estiver ativa. Se ele parar de vender ou não tiver mais movimento na loja da Shopee, o ideal é avaliar se compensa manter o MEI aberto ou solicitar a baixa, para não acumular guias em atraso sem necessidade.
Outro ponto que vale mencionar é sobre a declaração de Imposto de Renda. Quando chegar a época de declarar, ele vai precisar informar tanto os rendimentos recebidos como pessoa física através do emprego, quanto o pró-labore ou a distribuição de lucros que eventualmente retirar do MEI, se for o caso. Como MEI, normalmente não há emissão de pró-labore formal, mas se ele retirar valores da empresa para uso próprio, esses valores podem ser declarados como rendimentos isentos, dentro do limite de isenção do Simples Nacional, desde que a contabilidade da empresa esteja organizada e consiga demonstrar isso, ainda que de forma simplificada, já que MEI não é obrigado a ter escrituração contábil completa.
Então, resumindo para tranquilizar seu conhecido, ter MEI e registro em carteira ao mesmo tempo é uma prática legal e comum, não há cruzamento de dados que gere confusão entre os dois rendimentos, desde que cada obrigação seja cumprida corretamente e nos seus respectivos sistemas. O que ele precisa organizar é manter o pagamento do DAS em dia enquanto o MEI estiver ativo e ficar atento à declaração de IR no ano seguinte, unindo as duas fontes de rendimento de forma correta.