Olá, boa noite!
A abertura de uma filial, passa por quase o mesmo processo de uma nova empresa, no que diz respeito a legalização na Junta Comercial. Como cada estado tem a sua Junta Comercial, costuma variar o modo que deve proceder.
Sugiro acompanhar os módulos de abertura de empresas, disponíveis na área do aluno:
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/categories/12725-setor-legalizacao/courses
Quanto a definir se é melhor uma nova empresa, ou uma filial, é necessário verificar o caso em específico, para definir a melhor opção.
Espero ter ajudado.