Bom dia, Elaine,
A devolução de mercadoria recebida pela filial não precisa, necessariamente, ser transferida fisicamente para a matriz. A decisão sobre movimentar ou não o estoque fisicamente é de natureza operacional e logística, não uma obrigação fiscal em si.
Do ponto de vista fiscal, o que importa é que a devolução seja devidamente documentada com a emissão de nota fiscal de devolução pelo cliente, endereçada ao estabelecimento que originalmente emitiu a nota fiscal de venda, que no seu caso é a filial. Essa NF-e de devolução permite que a filial recupere os tributos destacados na operação original, como ICMS, PIS e COFINS, conforme as regras de cada regime tributário.
Se a mercadoria devolvida tiver que retornar ao estoque da matriz por uma decisão da empresa, seja por questões de controle de estoque centralizado, reaproveitamento ou qualquer outro motivo operacional, então sim, será necessário emitir uma nota fiscal de transferência entre estabelecimentos, da filial para a matriz, utilizando o CFOP adequado para transferência de mercadoria entre estabelecimentos do mesmo titular, que geralmente é o 5.152 para operações dentro do estado ou 6.152 para operações interestaduais.
Vale lembrar que, com as mudanças trazidas pelo julgamento do STJ e pela LC 204/2023, o ICMS nas transferências entre estabelecimentos do mesmo titular passou a ter um tratamento específico: o destaque do imposto deixou de ser obrigatório, mas o crédito pode ser transferido ao estabelecimento destinatário mediante opção do contribuinte, observadas as regras do seu estado.
Se a mercadoria devolvida ficar no estoque da filial e for revendida por ela mesma, não há obrigação de transferi-la para a matriz. O controle contábil pode ser feito internamente, já que matriz e filial integram o mesmo CNPJ base e o mesmo patrimônio jurídico, devendo apenas o estoque ser controlado corretamente no estabelecimento onde a mercadoria efetivamente se encontra.
Em resumo, a transferência para a matriz só é necessária se houver uma necessidade operacional ou estratégica da empresa para isso. Do ponto de vista fiscal, o importante é que a devolução esteja corretamente documentada e escriturada na filial que recebeu a mercadoria de volta.