Bom dia, Everton,
Vamos por partes, porque aqui se misturam duas questões distintas: o efeito do desenquadramento em si e a operacionalização da emissão da nota referente à competência de junho.
Primeiro, sobre o prazo do desenquadramento, o procedimento está correto. Quando o desenquadramento do SIMEI ocorre por opção do próprio contribuinte, ou seja, por comunicação voluntária e não por excesso de receita já consumado, os efeitos começam a partir do primeiro dia do mês subsequente ao da comunicação, conforme prevê o artigo 73 da Resolução CGSN nº 140/2018. Como a solicitação foi feita em 30/06/2026, o sistema informar que o efeito começaria em 01/07/2026 está dentro do que a norma determina. Isso significa que, para todos os efeitos, seu cliente ainda era MEI durante todo o mês de junho, e só passou a ser tributado pelas regras normais do Simples Nacional a partir de julho.
Isso é importante porque resolve uma preocupação natural que costuma surgir nesse tipo de situação: o fato de a nota estar sendo emitida em julho, já sem o enquadramento de MEI, não descaracteriza a competência de junho. O fato gerador do serviço ocorreu enquanto ele ainda estava enquadrado como MEI, e é essa condição que vale para fins de tributação daquela competência, inclusive para o recolhimento do DAS relativo a junho, que continua sendo feito pela tabela do SIMEI. A data de emissão da nota, ainda que posterior à mudança de regime, não altera essa competência.
O problema prático que vocês estão enfrentando é de ordem operacional, ligado ao sistema de emissão. O Emissor de NFS-e voltado ao MEI, dentro do ambiente nacional, é restrito a quem está com o cadastro ativo como microempreendedor individual. Como o cadastro dele já não reflete mais essa condição a partir de 01/07, o sistema corretamente bloqueou a emissão por essa via.
O caminho, então, é emitir a nota pelo sistema de NFS-e destinado às demais empresas do Simples Nacional, não mais pela opção simplificada do MEI. Se o município de Duque de Caxias já estiver integrado ao Ambiente Nacional do NFS-e, o acesso costuma ser feito pelo mesmo portal, www.nfse.gov.br, mas a autenticação para quem não é mais MEI normalmente exige certificado digital e-CNPJ ou a geração de um código de acesso próprio para contribuintes do regime normal, diferente daquele utilizado como MEI. Vale a pena tentar gerar esse acesso diretamente no portal, já que muitas vezes o sistema permite a troca de perfil sem necessidade de nova credencial expedida pela prefeitura.
Como cada município tem autonomia para definir detalhes operacionais do ISS e da emissão de notas fiscais de serviço, recomendo fortemente que vocês entrem em contato com a Secretaria de Fazenda de Duque de Caxias, ou verifiquem no site da prefeitura, para confirmar se há algum procedimento cadastral pendente do lado municipal, já que às vezes existe uma pequena defasagem entre a atualização do cadastro na Receita Federal e a atualização correspondente na base do município, o que pode gerar bloqueios temporários mesmo depois do desenquadramento já ter sido processado nacionalmente.
Vale mencionar ainda um ponto prático, embora não seja uma exigência legal e sim apenas uma recomendação de cautela: como o processo de baixa do enquadramento como MEI ainda vai gerar alterações no CNPJ e possivelmente na Junta Comercial, é importante que essa atualização cadastral seja concluída dentro do prazo para evitar inconsistências futuras, mas isso não impede nem depende da emissão da nota referente a junho, que é uma obrigação independente e já vencida no tempo.
Se depois de tentar gerar o acesso pelo perfil de Simples Nacional o sistema ainda não permitir a emissão, o caminho seguro é abrir contato direto com a prefeitura, explicando exatamente essa situação de transição, porque é uma dúvida comum em casos de desenquadramento e normalmente há orientação específica de como regularizar a emissão de notas de competências anteriores à mudança de regime.