Boa tarde, Tatiani,
Boa pergunta, e entendo que essa situação gera bastante dúvida porque envolve aspectos societários, sucessórios e tributários ao mesmo tempo. Vou explicar o caminho de forma clara.
A resposta curta é: sim, é possível baixar o CNPJ nessa situação, mas exige alguns cuidados.
O que precisa acontecer antes da baixa
O primeiro ponto é resolver a situação do sócio falecido no contrato social. Mesmo que a participação dele seja de apenas 1%, ela precisa ser transferida antes do encerramento. Isso porque a Junta Comercial não aceita baixa de empresa com sócio falecido sem que a quota dele tenha sido formalmente transferida.
A boa notícia é que, por ser apenas 1%, não é obrigatório abrir inventário judicial ou extrajudicial. O que os herdeiros podem fazer é formalizar a transferência diretamente na Junta Comercial por meio de uma Alteração Contratual, onde os próprios herdeiros cedem a quota ao sócio remanescente (ou entre eles mesmos), apresentando a certidão de óbito e um documento que comprove a condição de herdeiro, como a certidão de nascimento ou casamento.
Muitas Juntas aceitam essa transferência simplificada quando o valor das quotas é considerado de pequena monta, justamente para evitar que o inventário seja obrigatório em casos simples como esse. Vale confirmar o entendimento da Junta do seu estado, pois pode haver pequenas variações de procedimento.
E o parcelamento no Simples Nacional?
Esse é o outro ponto de atenção. A empresa só consegue a baixa no CNPJ se o parcelamento estiver em dia. A Receita Federal e o eSocial exigem a regularidade fiscal para liberar o encerramento.
Uma alternativa importante aqui é o chamado "encerramento com parcelamento ativo": a legislação do Simples Nacional permite que a empresa solicite a baixa mesmo com débitos, desde que eles sejam parcelados ou quitados no momento do encerramento. O contribuinte pode usar a funcionalidade de "Pedido de Baixa" diretamente no portal do Simples Nacional (PGDAS/Portal do Simples), e os débitos remanescentes são consolidados e cobrados dos sócios após a baixa.
Ou seja, não é necessário quitar tudo antes de pedir o encerramento — mas os sócios ficam responsáveis pelos débitos que existirem.
Resumo do caminho prático
Primeiro, os herdeiros transferem a quota do sócio falecido por alteração contratual na Junta, com certidão de óbito e documentos dos herdeiros. Depois, registrada a alteração, a empresa passa a ter apenas o sócio sobrevivente (ou os herdeiros entram como sócios brevemente para depois ceder). Em seguida, dá entrada no pedido de baixa na Junta Comercial, na Receita Federal, na Prefeitura e nos demais órgãos. Por último, acompanha a consolidação dos débitos do Simples para que os sócios possam regularizar.