Olá Natália. Bom dia.
O fechamento de filiais de Associações quando envolve comarcas diferentes exige o cumprimento estrito de uma ordem cronológica entre as serventias, além do correto direcionamento fiscal. Como os Cartórios de Registro Civil de Pessoas Jurídicas (RCPJ) em São Paulo utilizam os sistemas integrados da Central RTDPJBrasil, o fluxo deve seguir rigorosamente os passos abaixo.
O seu ponto de partida está correto. Toda e qualquer alteração na estrutura de uma entidade (seja abertura, alteração ou extinção de filiais) deve obrigatoriamente ser averbada primeiro na comarca sede da matriz, conforme dita a regra geral do Código Civil.
Você protocolará a Ata da Assembleia (ou Reunião de Diretoria, a depender do que dita o seu Estatuto) que deliberou o fechamento da filial de Itu. O cartório de Diadema irá processar e averbar este documento na ficha da Matriz.
Ao finalizar, o cartório fornecerá o documento averbado e uma Certidão de Inteiro Teor ou Certidão de Breve Relato constando essa baixa.
O Registro no Cartório da Filial (Itu)
Sim, você deve levar o ato ao cartório de Itu. Como a filial está estabelecida em outra comarca, ela possui um livro/registro autônomo na serventia de Itu. Deixar de registrar lá significa manter a filial civilmente "viva" naquela cidade.
O que apresentar em Itu: Você protocolará o requerimento de baixa anexando a certidão obtida em Diadema e a via da ata já carimbada/assinada pelo cartório da matriz.
Finalidade: O oficial de Itu efetuará a averbação de encerramento diretamente no livro onde a filial foi originalmente inscrita, encerrando em definitivo a personalidade jurídica derivada naquele município.
Como proceder na Receita Federal / DBE?
Aqui está o grande detalhe prático. Em São Paulo, o Cadastro Sincronizado (Redesim) possui convênio com os cartórios de RCPJ, mas a forma de liberação do DBE muda conforme as ferramentas integradas adotadas pela serventia.
Como as duas etapas de cartório ocorrem em momentos distintos, veja o fluxo ideal para o seu DBE:
O Procedimento no Coletor Nacional (Redesim)
1.Preencher o DBE de Baixa:Dados da Filial.
Acesse o portal da Redesim e selecione a opção de Baixa. Certifique-se de preencher a solicitação informando o CNPJ específico da filial de Itu (e não o da matriz). O evento a ser utilizado é o "517 - Pedido de baixa".
2.Indicar o Registro em Cartório:Sincronização Cadastral.
O sistema perguntará se o ato já foi registrado. Como você fará o processo físico/eletrônico nos cartórios primeiro, selecione que "Não" (para que o sistema gere o DBE e permita que você o apresente junto ao cartório) ou, caso utilize a Central RTDPJ eletrônica, o próprio sistema pode fazer a amarração posterior.
3.Verificar o Deferidor:Direcionamento do Protocolo.
Ao finalizar o preenchimento, o sistema indicará quem analisará o DBE. Pela regra de competência cadastral, a análise e deferimento da baixa da filial ficará atrelada à unidade da Receita Federal/Cartório da jurisdição da própria filial (Itu).
4.Apresentar o DBE no Cartório Final:Cruzamento de Dados.
Geralmente, o DBE gerado deve ser transmitido e assinado digitalmente pelo presidente (via Gov.br). Leve o Protocolo de Transmissão do DBE impresso ou anexe-o digitalmente ao processo enviado ao Cartório de Itu. Ao registrar a baixa civil, o próprio cartório de Itu (se integrado e conveniado à Receita) promove a baixa simultânea do CNPJ.
Nota de Atenção sobre as CNDs: Diferente de empresas comerciais, os cartórios de RCPJ costumam ser bastante criteriosos com os aspectos estatutários. Certifique-se de anexar ao requerimento de Diadema e Itu a declaração explícita de que a filial não possuía patrimônio residual próprio a liquidar (se for o caso), além das certidões negativas de débitos federais e de FGTS da filial, para mitigar riscos de notas de exigência.
Espero ter ajudado.