Bom dia, Adriana,
Esse é um ponto que gera bastante dúvida, mas a resposta tranquilizadora é: depende do tipo de bolsa, e na maioria dos casos não há problema.
O ponto central é o seguinte: ser sócio de empresa não significa necessariamente ter renda. Uma pessoa pode figurar no contrato social como sócia e, se não houver distribuição de lucros ou pró-labore, tecnicamente ela não está recebendo remuneração por isso.
Bolsa do ProUni (a mais comum)
No caso do ProUni, a legislação exige que o bolsista não tenha renda familiar per capita superior a 1,5 salário mínimo (bolsa integral) ou 3 salários mínimos (bolsa parcial).
A questão aqui é: se ele for sócio e a empresa começar a distribuir lucros ou pagar pró-labore a ele, esse valor entra no cálculo da renda familiar e pode comprometer a bolsa na renovação anual.
Se ele for sócio apenas "no papel", sem receber nada, o risco é menor — mas é importante manter isso bem documentado, porque o MEC pode solicitar comprovação.
Bolsas de outros programas (FIES, bolsas universitárias próprias, etc.)
Cada programa tem suas regras específicas. Algumas bolsas institucionais da própria faculdade podem ter cláusulas que vedam o recebimento de renda ou até a condição de empresário. Vale verificar diretamente no contrato ou regulamento da bolsa dele.
O ponto mais sensível: o pró-labore
Se ele for o administrador da empresa, muitos contadores recomendam (e dependendo do regime tributário pode ser exigido) que ele receba pró-labore. Esse valor é considerado renda e, aí sim, pode impactar bolsas baseadas em critério de renda.
Recomendação prática
Antes de assinar qualquer contrato social, vale ele verificar:
O regulamento específico da bolsa que ele recebe
Se há vedação à condição de sócio ou administrador de empresa
Se há exigência de pró-labore no modelo de empresa que estão abrindo