Bom dia, Felipe,
Boa pergunta! Esse é um tema que gera bastante dúvida porque a farmácia de manipulação tem uma natureza mista — ela ao mesmo tempo produz um produto e presta um serviço. Vamos destrinchar cada ponto.
A natureza da atividade de farmácia de manipulação
A farmácia de manipulação realiza uma atividade que envolve a produção de um medicamento personalizado conforme a prescrição do médico. O STJ já pacificou o entendimento de que essa atividade é, predominantemente, uma prestação de serviço, e não uma venda de mercadoria. Por isso, a tributação principal recai sobre o ISS, e a nota fiscal correta é a NFS-e (Nota Fiscal de Serviço Eletrônica).
Sobre o CST e o cClasstrib
Você chegou bem perto. O CST 200 está correto — ele identifica operações sujeitas exclusivamente ao ISS, que é exatamente o caso aqui.
O ponto de atenção que você levantou é válido: o cClasstrib 200032 corresponde ao "Preparo de Medicamentos", mas em algumas tabelas ele aparece sem indicação expressa para NFS-e, o que gera confusão.
Nesse caso, o mais recomendado é verificar se o seu município adota o padrão ABRASF de NFS-e (que é o padrão nacional) e consultar a tabela de serviços do LC 116/2003. A atividade de farmácia de manipulação se enquadra no item 4.07 da lista de serviços — "Serviços farmacêuticos".
O cClasstrib correto a usar é o 040700, que corresponde diretamente ao item 4.07 da lista do LC 116/2003, e esse código tem indicação para NFS-e sem restrições.
Como proceder na prática
Use a combinação:
CST: 200 — tributação exclusiva pelo ISS
cClasstrib: 040700 — serviços farmacêuticos (item 4.07 do LC 116/2003)
NBS: 1.0401.00.00 — que corresponde a serviços farmacêuticos no padrão NBS
Com essa combinação, a emissão da NFS-e flui normalmente sem inconsistências na tabela.
Uma ressalva importante
Vale confirmar com a prefeitura do município do estabelecimento, porque alguns municípios possuem tabelas próprias de código de serviço que podem divergir levemente do padrão nacional. Se o município não utilizar o padrão ABRASF, o código de serviço pode ser diferente — mas o fundamento no item 4.07 do LC 116/2003 e o CST 200 continuam válidos.