Bom dia, Thays,
Ótima pergunta e muito bem estruturada. Vou responder em três partes: a lógica conceitual, o XML da NFS-e, e o desafio sistêmico que você levantou.
A lógica do "por conta e ordem" na base do IBS/CBS
A regra geral da Reforma é que o valor total da operação integra a base de cálculo do IBS e da CBS. A exceção para reembolsos só se aplica quando há uma relação genuína de "por conta e ordem de terceiros" — ou seja, quando o prestador de serviços está apenas intermediando uma despesa que pertence ao tomador, sem nenhuma margem, sem nenhuma prestação própria sobre aquele valor.
Para isso se sustentar, precisam estar presentes alguns elementos: o prestador não pode ter contraído a obrigação em nome próprio (ou, se contratou, precisa demonstrar que agiu como mero mandatário), o valor repassado tem que ser exatamente o mesmo pago ao fornecedor original, e precisa existir documentação que comprove essa relação — contrato de mandato, procuração, ou cláusula contratual específica.
Se algum desses elementos faltar, a Receita Federal e o Comitê Gestor tendem a entender que o valor integra a base tributável, mesmo que o contrato chame de "reembolso".
O XML da NFS-e nacional — como fica a segregação
A NFS-e nacional tem campos específicos que permitem essa segregação. No leiaute padrão do SPED/SEFIN, existe o grupo de valores da nota onde você consegue destacar:
O valor dos serviços propriamente ditos, que compõe a base do IBS/CBS normalmente, e os valores recebidos a título de reembolso que não integram a base, que devem ser informados no campo destinado a "deduções" ou em campos de valores não tributados, dependendo da versão do leiaute que o município ou a plataforma nacional está usando.
O ponto crítico é que a não tributação desse valor precisa estar devidamente justificada no XML. Não basta jogar o valor num campo de dedução — é preciso que o código de motivo de dedução ou o campo de observações identifique claramente a natureza "por conta e ordem". Caso contrário, em uma fiscalização automatizada, o sistema pode desconsiderar a dedução.
Além disso, quando a nota for emitida destacando IBS e CBS, o valor base sobre o qual esses tributos incidem precisa refletir apenas a parcela dos serviços, com o reembolso aparecendo como valor fora da tributação.
O problema sistêmico: amarrar AP com AR na NFS-e
Esse é de fato o maior desafio prático e ele ainda não tem uma solução padronizada definida pela Receita Federal ou pelo Comitê Gestor. Mas vou te dizer o caminho mais seguro que se discute hoje.
A vinculação entre o documento do fornecedor (AP) e a NFS-e ao cliente (AR) precisa acontecer em dois níveis:
No nível documental, o ideal é que o contrato com o cliente já preveja expressamente a cláusula de mandato ou "por conta e ordem", identificando quais tipos de despesa serão reembolsadas. E cada NFS-e emitida com parcela de reembolso deve referenciar os documentos originais do fornecedor — número da nota, data, valor, CNPJ do fornecedor — seja no campo de observações do XML, seja em um arquivo de apoio vinculado à nota.
No nível sistêmico, o ERP ou sistema de gestão precisa criar um vínculo entre o lançamento do AP (quando você registra a nota do fornecedor) e o lançamento do AR (quando você emite a NFS-e ao cliente com o reembolso). Esse vínculo serve para duas coisas: garantir que o valor do reembolso na NFS-e não ultrapasse o valor efetivamente pago ao fornecedor, e gerar um rastro auditável que sustente a exclusão da base do IBS/CBS.
Na prática, os sistemas mais robustos já trabalham com um campo de "tipo de receita" no lançamento — onde você marca se aquele item da fatura é "serviço próprio" ou "reembolso por conta e ordem" — e esse campo alimenta diretamente o XML da NFS-e, separando o que vai para a base tributável do que vai para o campo de dedução.
Se o sistema atual não tem esse controle, o ponto de partida é mapear quais contas contábeis recebem os reembolsos pagos (AP) e quais recebem os reembolsos cobrados do cliente (AR), e criar um centro de custo ou marcação que os vincule. Isso garante pelo menos a rastreabilidade para uma eventual fiscalização, mesmo que o XML ainda precise de ajuste manual.
Resumindo o que precisa estar alinhado:
O contrato precisa deixar clara a relação de mandato ou "por conta e ordem". O XML da NFS-e precisa segregar serviço de reembolso nos campos corretos, com o reembolso fora da base do IBS/CBS. E o sistema precisa vincular o documento do fornecedor à NFS-e emitida ao cliente, com valor idêntico e documentação de suporte.
Vale ficar de olho nas regulamentações do Comitê Gestor do IBS, porque a padronização dos campos de dedução na NFS-e ainda está sendo finalizada e pode trazer mais clareza sobre exatamente qual campo usar para cada tipo de exclusão de base.