Boa tarde, Julio,
Essa é uma questão bastante relevante e merece uma análise cuidadosa, porque o entendimento de que a suspensão não se aplica não está correto — ao menos não de forma absoluta. Vou explicar o porquê.
O que diz o art. 46, II do RIPI/2010
O dispositivo prevê a suspensão do IPI nas saídas de produtos destinados a estabelecimento que os empregue no fabrico de outros produtos, desde que esses outros produtos sejam tributados pelo imposto.
A lógica da suspensão é evitar a tributação em cascata: o insumo entra sem IPI, e o IPI só incide sobre o produto final industrializado.
Quem pode se beneficiar: o conceito de "estabelecimento industrial"
O ponto central da dúvida está aqui. O RIPI/2010, no seu art. 8º, define como estabelecimento industrial aquele que executa qualquer das operações de industrialização descritas no art. 4º — transformação, beneficiamento, montagem, acondicionamento ou renovação — resultando em produto tributado pelo IPI.
O art. 9º, por sua vez, elenca os estabelecimentos equiparados a industrial. E aqui entra algo muito importante: o inciso IV do art. 9º equipara a estabelecimento industrial os estabelecimentos comerciais que derem saída a produtos industrializados por encomenda, quando atendidas as condições do regulamento.
Mas mais relevante ainda para o seu caso é o que a legislação e a jurisprudência administrativa entendem sobre o próprio executor da industrialização por encomenda.
O industrializador por encomenda executa operação de industrialização
Quando uma empresa recebe matéria-prima ou insumos de terceiros e realiza sobre eles uma operação de industrialização — transformação, beneficiamento, montagem etc. — ela está praticando exatamente uma das operações descritas no art. 4º do RIPI. Isso a torna, por definição, um estabelecimento industrial, ainda que não comercialize o produto final.
O fato de o produto retornar ao encomendante, em vez de ser vendido pelo industrializador, não desvirtua a natureza industrial da operação. O RIPI não exige que o estabelecimento industrial seja também o vendedor do produto final.
Posição da Receita Federal
A Receita Federal já se manifestou nesse sentido em diversas soluções de consulta. O entendimento consolidado é de que o estabelecimento executor da industrialização por encomenda é considerado estabelecimento industrial para fins do IPI, pois realiza operação de industrialização sobre os produtos que recebe.
Consequentemente, os insumos remetidos a esse estabelecimento para serem empregados na industrialização podem se beneficiar da suspensão do IPI prevista no art. 46, II — porque o destinatário vai empregar esses produtos no fabrico de outros, que serão tributados na saída do encomendante (ou na remessa de volta ao encomendante, conforme o caso).
O argumento de que "apenas presta serviço" não afasta a condição de industrial
Esse é um equívoco relativamente comum. A industrialização por encomenda tem uma natureza mista — há uma prestação de serviço, sim, mas ela é indissociável de uma operação sobre o produto. Para fins do IPI, o que importa é a operação sobre o produto, não a forma jurídica do contrato.
O próprio RIPI, ao tratar das operações de industrialização por encomenda nos arts. 402 e seguintes do RICMS/SP (que você mencionou no âmbito do ICMS), reconhece essa dualidade. E para fins federais, o fisco federal olha para a operação material sobre o produto.
Resumindo
O entendimento de que a suspensão não se aplica porque a empresa "apenas presta serviço de industrialização" não encontra amparo na legislação do IPI. O industrializador por encomenda é considerado estabelecimento industrial para fins do RIPI, e os insumos a ele remetidos para emprego na industrialização se qualificam para a suspensão do art. 46, II — desde que o produto resultante seja tributado pelo IPI.
Vale sempre verificar se existem condicionantes específicas no caso concreto — como a natureza do produto final e sua tributação — mas a premissa de que a suspensão seria inaplicável por força da natureza de "prestação de serviço" não se sustenta.