Qual melhor sistema para começar atender como autônomo?

Alterdata.

Calima um bom sistema e em nuvem, versão free com um bom suporte. E também versões pagas acessíveis.

O melhor é difícil de dizer, o que aconselho é fazer uma pesquisa com base nas respostas que tiver por aqui e entrar em contato com estas empresas e solicitar um teste gratuito para avaliar se irá atender a sua demanda e também na questão do custo mensal. Porque alguns gratuitos como o Calima pode ter alguma função ou algum limitante.

Indico o PROSIS - é barato e contratando 6 meses é gratis, não tel limite de empresas,
se quiserem testar - o Revendedor é o Alexandre - 11 99626-2947 - Caso alguem tenha interesse, informe que foi Joao de Deus de Vila Velha que indicou.
A mensalidade é 280,00 - tem online e no PC. Eu particularmente Gosto mais do Local/instalado PC. pq se ficar sem internet - tem o Sistema off-line rodando.

Já usei Dominio por muitos anos, FolhaMatic, entre outros...