Bom dia, Matheus,
O Domínio realmente tem um módulo de conciliação bancária bem robusto, que é bem conhecido pelos usuários que já trabalharam com o sistema. Ele permite importar o extrato bancário em OFX diretamente do banco e fazer a conciliação com os lançamentos já registrados na contabilidade. Além disso, o sistema conta com o recurso de complementos de conciliação, que funciona de forma parecida com o que você descreveu no conciliador contábil que você usa hoje: você parametriza regras para que determinados tipos de movimento do extrato sejam automaticamente direcionados para a conta contábil e o histórico correspondente, o que reduz bastante o trabalho manual em lançamentos recorrentes.
Agora, sobre a parte específica de importar uma planilha própria de contas pagas ou recebidas e confrontar isso com o extrato bancário e com os comprovantes em PDF, essa funcionalidade eu não tenho como confirmar com certeza que existe da mesma forma que no seu conciliador contábil atual. O Domínio tem módulo de contas a pagar e a receber integrado, então normalmente os lançamentos já nascem dentro do próprio sistema em vez de vir de uma planilha externa, mas eu não sei te dizer com precisão se existe uma rotina de importação de planilha nesse formato específico que você descreveu, incluindo o cruzamento automático com comprovantes.
Como você está migrando para o Domínio no mês que vem, o mais seguro é levar essa dúvida diretamente para o consultor de implantação ou para o suporte do Domínio, explicando o fluxo que você usa hoje com o conciliador contábil. Eles vão conseguir te dizer com exatidão se o módulo nativo cobre isso ou se ainda vale a pena manter uma ferramenta auxiliar para essa parte específica de cruzamento com comprovantes.