Olá Regiane, tudo bem?
Se a funcionária ficar dias sem atestado entre dois períodos, esses dias são considerados falta injustificada, pois não há comprovação médica. Na folha, esses dias podem ser descontados, a menos que a empresa aceite abonar as faltas ou a funcionária apresente um atestado retroativo cobrindo esse período. O ideal é que a funcionária apresente o novo atestado o quanto antes para evitar descontos e problemas.
Espero ter ajudado.