Oi Sheila, sim os funcionários ficam divididos pela lotação, os encargos são calculados de acordo com cada lotação e deve ser pago pela empresa prestadora.
Um exemplo:
Empresa de construção civil que tem 3 lotações: administrativo, obra pública e obra privada;
cada lotação terá um código de FPAS e um código de terceiros, cada uma com a sua alíquota exata, na guia mensal, será somado todos eles.
Espero ter ajudado!