Olá Regiane, tudo bem?
A empresa só é obrigada a pagar os 15 primeiros dias de afastamento com atestado médico. A partir do 16º dia, se o funcionário ainda não tiver condições de retornar ao trabalho, ele deve ser encaminhado para perícia no INSS para solicitar o auxílio-doença. Neste caso, é importante orientar o funcionário a agendar a perícia o quanto antes.
Espero ter ajudado.