Olá Rafael, tudo bem?
Você pode verificar o contrato social ou a alteração contratual, onde normalmente a atividade principal está registrada como CNAE principal. As demais atividades ficam como CNAEs secundárias.
Em casos específicos, pode-se analisar qual atividade gera a maior parte do faturamento ou tem a maior número de funcionários, mas oficialmente a Receita considera como preponderante a atividade principal cadastrada no CNPJ.
Espero ter ajudado.