Atraso de Funcionário

Olá! Boa noite.
Se você tem o controle ponto o desconto é permitido, assim como advertência pelo atraso, porem recomendo que verifique a CCT se existe alguma clausula a respeito do assunto.

Obrigada a descontar, a empresa não é! Todavia, faculta-se que a haja o desconto dos respectivos minutos/horas de atraso. A sistemática é similar a das horas extras, se o trabalhador extrapolar o horário previamente estabelecido a empregadora deverá remunera-lo com horas extras. Todavia, é sempre recomendável analisar a CCT aplicável à categoria.

Pela Consolidação das Leis do Trabalho (art. 58):

A empresa paga pelo tempo efetivamente trabalhado logo, pode descontar atrasos.

Não é obrigatório descontar — mas é um direito da empresa.