Olá Steffanne, tudo bem?
Sim, a empresa deve informar o pagamento ao contador autônomo no eSocial, pois houve retenção de INSS. Mesmo ele emitindo nota com destaque, a empresa é responsável por recolher e declarar.
Como o serviço foi prestado em fevereiro, a informação deve constar na folha de fevereiro, mesmo que o pagamento tenha ocorrido em março. A retificação pode ser feita agora em abril, porém, pode gerar multas por atraso na entrega da informação e também juros e multa de mora pelo recolhimento em atraso do INSS via DCTFWeb.
Espero ter ajudado.