Olá Camila, tudo bem?
Sim, há risco de o auxílio ser negado se ela continuar mantendo o pró-labore durante o período de afastamento, pois o INSS pode entender que ela continua exercendo atividade. O ideal seria suspender, caso contrário, o benefício pode ser indeferido ou cancelado por incompatibilidade com a incapacidade declarada.
Espero ter ajudado.