Olá Catia, bom dia.
É preciso fazer o desligamento do funcionário primeiro para depois dar a baixa na empresa, pois senão irá continuar contando vínculo com a empresa e pode prejudicar o funcionário.
Temos essa aula aqui: https://alunos.contabilidadefacilitada.com/137981-departamento-pessoal-na-pratica/3228367-principais-cuidados-no-processo-demissional
Espero ter ajudado.