Olá João Vitor, tudo bem?
Como ele já tem 16 anos, pode ser contratado normalmente como empregado CLT, desde que não exerça atividades perigosas, insalubres ou em horário noturno.
É obrigatório fazer o exame admissional, e esse exame precisa ser emitido por uma clínica de medicina do trabalho, dentro do Programa de Controle Médico de Saúde Ocupacional (PCMSO). Um atestado avulso, sem ser por médico do trabalho, não atende às exigências da norma.
Quanto ao salário, sim, pode ser proporcional. Se ele vai trabalhar meio período, pode receber meio salário mínimo. Só é importante verificar se a convenção coletiva da categoria não estabelece um piso diferente.
Por fim, a admissão deve ser informada normalmente no eSocial, com envio do evento de admissão, salário proporcional e jornada parcial.
Espero ter ajudado.