Boa noite Izabel!
Se a empresa foi desenquadrada do MEI, mas permanece no Simples Nacional, você não precisa do certificado digital para acessar e transmitir o E-social, por exemplo, e enviá-lo sem movimento.
Você pode acessar o E-social com CPF e senha Gov do sócio administrador, trocar o perfil para CNPJ, e fazer o encerramento da folha de janeiro de cada ano sem movimento, caso de fato a empresa não tenha tido movimentação no período.
Caso tenha tido movimento de folha, aí você precisa enviar mês a mês, conforme a movimentação.
Após o envio no e-social, você deve transmitir a DCTFWEB, por meio do E-cac. Basta acessar o ambiente próprio, e fazer a transmissão das declarações.
Por conta do vencimento, pode ser gerado uma multa por cada declaração enviada fora do prazo. Essas multas, você consegue consultar na situação fiscal do e-CAC, por exemplo.
Esses seriam os principais pontos para o seu caso.
Espero ter ajudado.