Olá Ian, boa tarde.
A mensagem que você está recebendo indica que há uma ordem específica para o envio dos eventos no eSocial. O evento S-1000 deve ser enviado antes do evento S-1020. No entanto, como você mencionou, se a matriz já enviou o evento S-1000, a filial não precisa enviá-lo novamente.
O evento S-1000 está relacionado ao cadastro inicial das informações do empregador e deve ser enviado pela raiz do CNPJ, abrangendo todas as filiais. Após o envio bem-sucedido do S-1000 pela matriz, as filiais podem prosseguir com o envio de seus eventos subsequentes, como o S-1020, que se refere às informações sobre a tabela de lotação tributária.
Se você está enfrentando problemas mesmo após a matriz ter enviado o S-1000, pode ser necessário verificar se o envio foi realizado corretamente e se a filial está vinculada à matriz no sistema do eSocial. Além disso, confirme se não há pendências ou erros no cadastro que possam estar causando a rejeição do evento S-1020.
Espero ter ajudado!