Olá Vitória, boa tarde. É uma limitação do seu sistema pois não tem necessidade de importar todos os eventos que já foram enviados, o ideal é que o sistema envie a partir da competência de responsabilidade do seu escritório.
Por exemplo, eu trabalho com Contmatic em um cliente e quando tem empresa nova, só informamos a carga inicial (S-1000, S-1005, S-1020, S-1010) e depois informamos a data que será responsabilidade nossa.
Espero ter ajudado.