Olá Thiago, tudo bem?
Estorno é quando o valor pago indevidamente pode ser reaproveitado pela própria empresa dentro do FGTS Digital. Por exemplo, se a guia foi paga com valor ou dados errados, mas a competência ainda está em aberto, a empresa pode solicitar o estorno para que o sistema libere o valor novamente e permita a geração de uma nova guia correta. É mais rápido e menos burocrático.
Restituição é quando o valor pago não pode ser reaproveitado (exemplo: pagamento em duplicidade, CNPJ errado, ou competência já encerrada). Nesse caso, a empresa precisa pedir a devolução do dinheiro junto à Caixa, por meio de processo formal. É mais demorado e exige documentação.
Espero ter ajudado.