Olá João, bom dia.
Primeiro voce terá que entrar em contato com o seu sistema de folha de pagamento para que seja parametrizado de forma correta conforme a decisão, após isso deverá abrir e retificar as folhas de pagamento no esocial/DCTFWEB. Infelizmente não tem caminho mais fácil, terá que retificar mês a mês sem interferir na remuneração dos funcionários/sócios.
Espero ter ajudado.