Olá Liriel, tudo bem?
Aconselho realizar o pagamento proporcional das verbas trabalhistas devidas até o momento — como férias, 13º salário e FGTS — documentando devidamente esses pagamentos. Em seguida, é fundamental efetuar o registro do empregado em carteira o quanto antes para regularizar a situação e evitar passivos trabalhistas futuros.
Vou deixar os links das aulas com a demonstração dos cálculos:
Espero ter ajudado.