Gratificação de função 40%

Boa noite. Preciso de uma orientação. Calculei o adiantamento do 13. Porem pagou a gratificação de função (40%), em uma rubrica de médias e valor de R$96,00. Verificando a memória de cálculo ele está pagando proporcional a dois meses. Sendo que o empregado começou a receber a gratificação em 09/24. Em outras empresas que eu trabalhei pagávamos sempre os 40% em cima do salário e a rubrica não era como médias. Minha dúvida é pagamos como média ou criamos uma rubrica para esse pagamento? Visto que ao meu ver a empresa deve pagar 40% em cima do valor do salário.