Olá Natalia, tudo bem?
Normalmente o pagamento é abatido. Você já tentou verificar seguindo esses passos?
Acesse o portal: https://www.regularize.pgfn.gov.br
Faça login com certificado digital ou código de acesso.
No menu principal, vá em “Consultas” > “Parcelamentos”.
Localize o parcelamento relacionado ao auto de infração e veja se o pagamento foi abatido em alguma parcela.
Se não encontrar, vá em “Pagamentos” > “Comprovantes de Pagamento” para confirmar a quitação da guia.
Caso não localize o abatimento, o correto é verificar diretamente com a PGFN pelo portal Regularize e solicitar uma orientação formal sobre como proceder.
Se a atendente informou que o valor seria abatido, vale reforçar esse ponto ao abrir a solicitação.
Você mencionou que já entrou com pedido de análise na PGFN de BH, e eles retornaram pedindo a revisão — então, siga com o pedido de revisão de débito ou pagamento em duplicidade, conforme a instrução deles.
Espero ter ajudado.