Olá Diego, tudo bem?
Mesmo já contribuindo como CLT, o INSS exige contribuição sobre todo rendimento de trabalho. No caso da atividade como autônomo, ela precisa recolher por conta própria.
No entanto, existe um valor máximo (teto) sobre o qual se deve contribuir. Se a soma dos rendimentos ultrapassar esse teto, é possível ajustar o valor da contribuição como autônomo para não pagar além do necessário.
Espero ter ajudado.