Olá Jéssica, tudo bem?
Aconselho que continue utilizando o módulo geral do eSocial. Embora o módulo simplificado seja mais rápido e fácil, ele é mais adequado para casos de empregados domésticos e para situações mais simples. No seu caso, se a folha estava sendo feita no módulo geral, a mudança para o simplificado pode gerar problemas, como a falta de informações nos meses anteriores, como você mencionou. Além disso, o módulo geral oferece mais flexibilidade e é mais completo, especialmente para o acompanhamento de admissões e registros de forma mais detalhada.
Espero ter ajudado.