Olá Daniel, tudo bem?
Se de fato não houve pagamento de pró-labore para o sócio, você pode sim retificar a informação na DCTFWeb, retirando as remunerações do sócio e enviando a declaração como "sem movimento". Como não houve pagamento de pró-labore, não há obrigação de recolher o INSS ou outros encargos, e a retificação vai corrigir a informação.
Desde que a retificação seja feita corretamente, não haverá problemas com o fisco, já que o erro foi apenas informativo e não houve o pagamento efetivo do pró-labore.
Espero ter ajudado.