Olá Eliane, tudo bem?
A orientação da Caixa é a seguinte: “Caso o empregador tenha que confessar débitos para a inclusão no parcelamento, deve transmitir as confissões via SEFIP e solicitar a inclusão dos valores com a entrega do Comprovante/Protocolo de Confissão, em qualquer agência da Caixa. Só após o envio e deferimento, a confissão passa a aparecer no Conectividade Social para dar andamento ao parcelamento. Então, acredito que não há forma de enviar online, porém o protocolo pode ser assinado com certificado digital.
Segue o link da caixa para maiores informações:
https://www.caixa.gov.br/empresa/fgts-empresas/FGTS-Parcelamento-de-Debitos/Paginas/default.aspx
Espero ter ajudado.