Olá Sheila, boa tarde.
Se a empresa fez a comunicação do esocial corretamente, fez o pagamento da guia, precisa aguardar o prazo de liberação, a média é de 10 dias úteis para que o valor seja depositado.
Caso o funcionário queira, ele pode procurar outras agências para verificar se tem alguma informação.
Espero ter ajudado.