Olá Juliana, tudo bem?
Dentro do portal do eSocial, realmente não existe opção para marcar manualmente que o sócio já atinge o teto do INSS em outro vínculo. O correto é informar a condição de múltiplos vínculos diretamente no programa de folha de pagamento utilizado, e então importar os eventos para o e-Social.
O sistema do e-Social não foi desenhado para lançamentos manuais detalhados, mas sim para receber as informações consolidadas do sistema de folha. Por isso, se não houver a configuração prévia na folha, o cálculo automático de 11% sobre o pró-labore continuará aparecendo.
Espero ter ajudado.