Boa tarde Suelem!
Essa pendência costuma estar atrelado, quando o MEI foi desenquadrado, e não fez o processo de registro na Junta Comercial, e consequentemente, passando pelo processo municipal.
Tem acontecido bastante em vários municípios.
Outro fator que pode ter relação, são os débitos de ISS em Dívida Ativa. Quando o MEI (por exemplo), deixa as guias irem para a Dívida Ativa, a parte do ISS é transferida para o município correspondente.
Com isso, você precisa regularizar o débito de ISS diretamente com a prefeitura, enquanto a parte do INSS deve ser regularizada diretamente com a Receita Federal.
Espero ter ajudado.
