Olá! Boa noite.
Entendo que o CNAE seria de transporte, porem caso o transporte seja feito com outro veiculo que não seja caminhão, não se enquadra em MEI Caminhoneiro.
Sendo assim adicionaria o CNAE de transporte, mas continuaria no MEI normal.
Caso seja caminhão, e vá fazer a mudança para MEI caminhoneiro é pelo portal do MEI, e só pode ser feita essa mudança em janeiro.
Espero ter ajudado.