Boa tarde, Thaynã! Tudo bem?
A aposentadoria rural possui diversas particularidades. Uma delas é a exigência de que o segurado não possua vínculos urbanos e tenha como principal fonte de renda a atividade rural.
Por isso, acredito que a abertura desse CNPJ pode, sim, gerar conflitos junto ao INSS. No entanto, o ideal é que seu cliente consulte um advogado previdenciário, especialista na área, que poderá analisar o caso com mais detalhes e orientá-lo sobre as melhores alternativas, como, por exemplo, a possibilidade de uma aposentadoria híbrida (mista).
Espero ter ajudado!