Olá Cátia
Sim, as atividades secundárias podem ser distintas umas das outras. Um CNPJ pode ter até 14 atividades. Só verifique na legislação Municipal se alguma atividade não pode ser exercida no endereço do comércio, verifique o Alvará de Funcionamento, pois pode ter algumas restrições.
Espero ter ajudado.