Baixa de CNPJ após o desenquadramento

Olá Matheus, tudo bem?

Nós temos uma aula sobre esse tema no link abaixo, que pode te auxiliar bastante:
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/121630-lives-legalizacao-de-empresas/4037762-pratica-baixa-do-mei-apos-desenquadramento

Mas falando de modo geral, o procedimento é:

1. Fazer o desenquadramento na Junta Comercial.

2. Regularizar eventuais pendências (consultar o Relatório Fiscal do e-cac).

3. Caso a empresa tenha tido movimento, apurar os impostos e transmitir as declarações correspondentes.

4. Após a regularização, solicitar a baixa do CNPJ, também por meio do processo na Junta Comercial.

Espero ter ajudado!