Olá Laine
Não terá problemas em cobrar por seus serviços. Acompanhar um MEI exige tempo, recursos e conhecimento, logo é passível a cobrança.
Não se pode cobrar de MEI, empresas enquadradas no Simples Nacional, mas somente os serviços de Abertura e a primeira Declaração Anual.
Espero ter ajudado.