Olá Willian, boa noite.
Não consegui compreender a sua dúvida. Se sua pergunta refere-se a fazer procuração eletrônica do CNPJ utilizando a conta gov do cliente, é possível sim, ao acessar com a conta gov, altere o perfil para responsável pelo CNPJ, vá em procuração eletrônica e preencha a solicitação, assine com o código enviado para o celular do cliente.
Espero ter ajudado!