Olá! Bom dia.
Sim a presunção vai ser aplicada conforme faturamento exemplo:
R$ 50.000,00 X 32% = R$16.000,00 (rendimento isento)
R$ 50.000,00 - R$ 16.000,00 = R$ 34.000,00 (rendimento tributável)
As despesas anotadas em livro caixa servem apenas para controle interno.
Espero ter ajudado.