Olá, Viviane! Tudo bem?
Como o MEI não é obrigado a emitir nota fiscal para pessoas físicas, ele não precisará fazer isso. Na contabilidade, você pode registrar as receitas normalmente, mesmo sem a nota fiscal, da seguinte forma:
D - Cliente a receber/caixa/banco (ativo)
C - Receita de vendas (receita)
Para facilitar o processo, oriente o cliente a sempre registrar o valor das receitas e enviar essas informações para você. Além disso, utilize o extrato bancário do cliente como suporte na contabilidade.
Temos essa aula com a Milane sobre o tema também:
https://www.youtube.com/watch?v=03if51ZqAM8
Espero ter ajudado!