Olá Iago, tudo bem?
Nesses casos, se seu cliente possua mais algum valor em aberto em 2021, na aba onde você gera/apura a guia do MEI, você pode selecionar mais de uma guia para apuração do DAS e aí você irá marcar essa junto a outra guia que esteja com débito em aberto para que esse DAS seja emitido de maneira consolidada e então você vai conseguir pagar esses centavos em aberto.
Exemplo:

Seleciona ele junto a outra guia e depois clica em:

E então esse valor virá somado junto a guia gerada.
Espero ter ajudado!