Olá Maria
Primeiro ele precisa retificar a Declaração Anual, pois o MEI teve Faturamento. Enviando o valor de Notas Emitidas (R$ 96.911,02), a cliente excede o limite em 19,9%, ou seja, permanece como MEI em 2023 mas será desenquadrada automaticamente em 01/01/2024, sendo preciso formalizar como ME (Microempresa) ou migrar para outro regime do Simples.
Esse Faturamento de 2024, será apurado pelo Simples Nacional PGDAS. Em relação ao IRPF, precisa verificar a presunção, segue link da aula explicando a separação dos rendimentos tributáveis dos isentos:
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/189374-irpf-de-a-a-z-2025/4378540-calculo-das-parcelas-isenta-e-tributavel
Espero ter ajudado.