Olá William, tudo bem?
O correto é levantar o faturamento real dos anos anteriores, retificar as declarações do MEI e, em seguida, providenciar o desenquadramento para o regime tributário correto. Assim, você garante que a empresa evite problemas futuros com a Receita Federal.
Porém, é importante informar ao cliente que isso exigirá contabilidade retroativa, além do cálculo dos impostos no Simples Nacional com correção de juros e multas.
Espero ter ajudado!