Olá, Igor!
Não entendi sua questão. A forma de desenquadrar, sendo feita da forma correta (seguindo o passo a passo) é sempre segura.
Você deve primeiro comunicar o desenquadramento no portal do Simples Nacional.
Em seguida, deve fazer a transformação de EI (Empresário Individual) em uma Sociedade Empresária. Isso no portal da Junta Comercial do estado da Empresa.
Espero ter ajudado.