Olá Flávio
Não precisa emitir novamente as Notas dos Serviços, mas precisa enviar a apuração desses valores dentro do Portal do Simples Nacional - PGDAS.
Após essa apuração, o Desenquadramento de MEI para ME, os valores pagos no DAS MEI vai estar disponível para recuperação, por isso, regularize primeiro a situação desse MEI, ou seja, solicita o Desenquadramento, Faz o processo de alteração Contratual, faz a apuração do Simples Nacional, e depois veja o crédito pago como MEI.
Espero ter ajudado.