Olá Henrique, boa noite.
Você pode precisar consultar a Junta Comercial do Estado do Maranhão (JUCEMA) ou a Secretaria da Fazenda do Estado do Maranhão (SEFAZ MA) para obter informações mais específicas sobre o processo no seu estado, para SP por exemplo ao solicitar desenquadramento, não é necessário a alteração da natureza jurídica, a JUCESP recebe a informação e faz automaticamente.
Espero ter ajudado